In der dritten Generation einer Musikerfamilie aufgewachsen, studierte Guido Keller nach Abschluss des Primarlehrerpatentes Orgel und Klavier am Konservatorium Winterthur. Er erlangte das Orgellehrdiplom bei Rudolf Meyer und das Klavierlehrdiplom bei Karl-Andreas Kolly. Bei Susanne Doll (Basel) schloss er das Orgelkonzertdiplom ab. Liturgisches Orgelspiel und Orgelimprovisation studierte Keller bei Pater Theo Flury (Einsiedeln / Rom).

Guido Keller ist seit 2006 Hauptorganist an der katholischen Kirchgemeinde Herz Jesu Wiedikon ZH, wo er die Konzertreihe «FORUM FÜR NEUE ORGELMUSIK» betreut. Sein spezielles Interesse gilt der Orgelmusik Olivier Messiaens und der Improvisation. Zudem engagiert er sich stark für die neuere Musik und kunstübergreifende Orgelprojekte. Guido Keller unterrichtet Klavier und Orgel an der Kantonsschule Wil SG.